Një armë e re për diagnozën e tuberkulozit dhe zbulimin e rezistencës ndaj ilaçeve: Një sekuencë e synuar e gjeneratës së re (TNG) e kombinuar me mësimin e makinerisë për diagnozën e mbindjeshmërisë së tuberkulozit
Raporti i Letërsisë: CCA: Një model diagnostikues i bazuar në TNG dhe mësimin e makinerive, i cili është i përshtatshëm për njerëzit me tuberkuloz më pak bakterial dhe meningjitin tuberkuloz.
Titulli i tezës: Sekuencimi i gjeneratës së ardhshme të drejtuar nga tuberkulozët dhe mësimi i makinerisë: Një strategji diagnostike ultra e ndjeshme për tubulet pulmonare paucific dhe meningjitin tubular.
Periodike: 《Clinica Chimica Acta
Nëse ： 6.5
Data e Publikimit: Janar 2024
Kombinuar me Universitetin e Akademisë Kineze të Shkencave dhe Spitalin e gjoksit të Pekinit të Universitetit Mjekësor të Kapitalit, Macro & Micro-Testi themeluan një model të diagnostikimit të tuberkulozit bazuar në gjeneratën e re të teknologjisë së sekuencave të synuara (TNGS) dhe metodën e mësimit të makinerive, i cili siguroi ultra të lartë Ndjeshmëria e zbulimit për tuberkulozin me pak baktere dhe meningjit tuberkuloz, siguroi një metodë të re të diagnostikimit të mbindjeshmërisë për diagnozën klinike të dy llojeve të tuberkulozi, dhe ndihmoi diagnozën e saktë, zbulimin e rezistencës ndaj ilaçeve dhe trajtimin e tuberkulozit. Në të njëjtën kohë, konstatohet se plazma e pacientit cfDNA mund të përdoret si një lloj i përshtatshëm i mostrës për marrjen e mostrave klinike në diagnostikimin e TBM.
Në këtë studim, 227 mostra plazmatike dhe mostra të lëngut cerebrospinal u përdorën për të krijuar dy grupe klinike, në të cilat u përdorën mostrat e grupit diagnostikues laborator Modeli diagnostikues. Të gjitha mostrat u shënjestruan për herë të parë nga një pishinë e sondës së kapjes së synuar posaçërisht të dizajnuar për Mycobacterium tuberculosis. Pastaj, bazuar në të dhënat e sekuencave të TB-TNGS, modeli i pemës së vendimit përdoret për të kryer një vlerësim kryq 5-fish në grupet e trajnimit dhe vlefshmërisë së radhës diagnostikuese laboratorike, dhe merren pragjet diagnostikuese të mostrave plazmatike dhe mostrat e lëngut cerebrospinal. Pragu i marrë është sjellë në dy grupe provash të radhës së diagnostikimit klinik për zbulim, dhe performanca diagnostike e nxënësit vlerësohet nga kurba ROC. Më në fund, u mor modeli i diagnozës së tuberkulozit.
Fig. 1 Diagrami skematik i modelit të hulumtimit
Rezultatet: Sipas pragjeve specifike të mostrës së ADN -së CSF (AUC = 0.974) dhe mostrës plazmatike cfDNA (AUC = 0.908) të përcaktuara në këtë studim, midis 227 mostrave, ndjeshmëria e mostrës CSF ishte 97.01%, specifikimi ishte 95.65%, dhe Ndjeshmëria dhe specifikimi i mostrës plazmatike ishin 82.61% dhe 86.36%. Në analizën e 44 mostrave të çiftuara të plazmës cfDNA dhe ADN -së të lëngut cerebrospinal nga pacientët me TBM, strategjia diagnostikuese e këtij studimi ka një qëndrueshmëri të lartë prej 90.91% (40/44) në plazmën cfDNA dhe ADN -në e lëngut cerebrospinal, dhe ndjeshmëria është 95.45% (42/44). Në fëmijët me tuberkuloz pulmonar, strategjia diagnostikuese e këtij studimi është më e ndjeshme ndaj mostrave plazmatike sesa rezultatet e zbulimit XPERT të mostrave të lëngut të stomakut nga të njëjtët pacientë (28.57% vs 15.38%).
Fig. 2 Performanca e analizës së modelit të diagnozës së tuberkulozit për mostrat e popullsisë
Fig. 3 Rezultatet diagnostike të mostrave të çiftuara
Përfundim: Në këtë studim u krijua një metodë mbindjeshmëruese diagnostike për tuberkulozin, i cili mund të sigurojë një mjet diagnostikues me ndjeshmërinë më të lartë të zbulimit për pacientët klinikë me tuberkuloz oligobacilar (kulturë negative). Zbulimi i tuberkulozit mbindjeshmëri bazuar në plazmën cfDNA mund të jetë një lloj i përshtatshëm i mostrës për diagnostikimin e tuberkulozit aktiv dhe meningjitit tuberkuloz (mostrat plazmatike janë më të lehta për tu mbledhur sesa lëngu cerebrospinal për pacientët që dyshohet për tuberkulozin e trurit).
Lidhja origjinale: https://www.sciedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? përmes%3DihUB
Paraqitja e shkurtër e produkteve të zbulimit të serisë së tuberkulozit makro dhe mikro-test
Në funksion të situatës së komplikuar të mostrës së pacientëve me tuberkuloz dhe nevoja të ndryshme, makro dhe mikro-test ofron një grup të plotë të zgjidhjeve NGS për nxjerrjen e lëngëzimit nga mostrat e pështymës, ndërtimin dhe sekuencat e bibliotekës Qualcomm, dhe analizën e të dhënave. Produktet mbulojnë diagnozën e shpejtë të pacientëve me tuberkuloz, zbulimin e rezistencës ndaj ilaçeve të tuberkulozit, shtypjen e tuberkulozit të Mycobacterium dhe NTM, diagnozën e mbindjeshmërisë së tuberkulozit baktere-negativ dhe njerëzve tuberkuloz, etj.
Kutitë e zbulimit serik për tuberkulozin dhe mykobakteret:
| Pika nr | emrin e produktit | Përmbajtja e testimit të produktit | Lloji i mostrës | model i zbatueshëm |
| HWTS-3012 | Agjent i lëshimit të mostrës | Përdoret në trajtimin e lëngëzimit të mostrave të pështymës, ka marrë një numër rekord të klasit të parë, Sutong Machinery Equipment 20230047. | pështymë | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kompleti i zbulimit të sasisë Qualcomm për tuberkulozin mbindjeshmëri (metoda e kapjes së sondës) | Zbulimi i mbindjeshmërisë jo-invazive (biopsi e lëngshme) për baktere-negative pulmonare tuberkuloz dhe nyjet e trurit; Mostrat e njerëzve që dyshohet se janë të infektuar me tuberkuloz ose mikobaktere jo-tuberkuloz u analizuan nga metagjenomika e sekuencave me thellësi të lartë, dhe informacioni i zbulimit nëse tuberkulozi jo-tuberkuloz ishin të infektuara dhe mykobakteret kryesore të linjës së parë të mycobacterium tuberculosis u siguruan. | Gjaku periferik, lëngu i lavazhit alveolar, hidrothorax dhe ascites, mostra e birrës së përqendrimit, lëngu cerebrospinal. | Brez i dytë |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing dhe Kit i Zbulimit të Rezistencës së Barnave (metoda e sekuencave të amplifikimit të multiplexit) | Testi i shtypjes së Mycobacterium, përfshirë MTBC dhe 187 NTM；Zbulimi i rezistencës ndaj ilaçeve të Mycobacterium tuberculosis mbulon 13 ilaçe dhe 16 vende të mutacionit bazë të gjeneve të rezistencës së ilaçeve. | Pështymë, lëngu i lavazhit alveolar, hidrothorax dhe ascites, përqendrimi i mostrës së birë, lëngu cerebrospinal. | Platforma e dyfishtë e gjeneratës së dytë/të tretë |
Pikat kryesore: HWTS-NGS-T001 MYCOBACTERIUM TYPING DHE DEFEKTIMI I Rezistencës së Barnave (Metoda e Amplifikimit Multiplex)
Parathënie e Produkteve
Produkti bazohet në ilaçet kryesore të linjës së parë dhe të dytë të përshkruara në udhëzimet e trajtimit të OBSH-së, makrolidet dhe aminoglikozidet që përdoren zakonisht në udhëzimet e trajtimit NTM, dhe vendet e rezistencës ndaj ilaçeve mbulojnë të gjithë një grup të vendeve të lidhura me rezistencën e drogës në Katalogu i kompleksit të kompleksit të kompleksit të Mycobacterium tuberculosis, si dhe gjenet e tjera të raportuara të rezistencës ndaj ilaçeve dhe vendet e mutacionit sipas hetimit dhe statistikave të Literaturat me rezultate të larta brenda dhe jashtë vendit.
Identifikimi i shtypjes bazohet në shtamet NTM të përmbledhura në udhëzimet NTM të publikuara nga Gazeta Kineze e Tuberkulozit dhe Sëmundjeve të Frymëmarrjes dhe konsensusit të ekspertëve. Abetarët e projektuar të shtypjes mund të amplifikojnë, sekuencat dhe shënojnë më shumë se 190 specie NTM.
Përmes teknologjisë së amplifikimit PCR multiplex të synuar, gjenet gjenotipizuese dhe gjenet rezistente ndaj ilaçeve të Mycobacterium u amplifikuan nga PCR multiplex, dhe u mor kombinimi i ampliconit të gjeneve të synuara që duhen zbuluar. Produktet e amplifikuara mund të ndërtohen në bibliotekat e sekuencave të gjeneratës së dytë ose të gjeneratës së tretë, dhe të gjitha platformat e sekuencave të gjeneratës së dytë dhe të gjeneratës së tretë mund t'i nënshtrohen sekuencave me thellësi të lartë për të marrë informacionin e sekuencës së gjeneve të synuara. Duke krahasuar me mutacionet e njohura të përfshira në bazën e të dhënave të referencës së integruar (përfshirë edhe katalogun e kompleksit të kompleksit të tuberkulozit WHO Mycobacterium tuberculosis dhe marrëdhëniet e tij me rezistencën e ilaçeve), u përcaktuan mutacionet që lidhen me rezistencën e drogës ose ndjeshmërinë e ilaçeve anti-tuberkuloz. Kombinuar me zgjidhjen e trajtimit të mostrës së pështymës të vetë-hapur të makro dhe mikro-testit, u zgjidh problemi i efikasitetit të amplifikimit të acidit të ulët nukleik të mostrave klinike të pështymës (dhjetë herë më e lartë se ajo e metodave tradicionale), në mënyrë që zbulimi i sekuencave të rezistencës ndaj ilaçeve të mund të mund të jetë aplikohet drejtpërdrejt në mostrat klinike të pështymës.
Varg i zbulimit të produkteve
34gjenet e lidhura me rezistencën e drogës së18ilaçe anti-tuberkuloze dhe6U zbuluan ilaçet NTM, duke mbuluar297vendet e rezistencës së drogës; Dhjetë lloje të Mycobacterium tuberculosis dhe më shumë se190Llojet e NTM u zbuluan.
Tabela 1: Informacioni i 18+6 ilaçeve+190+NTM
Avantazh i produktit
Përshtatshmëria e fortë klinike: Mostrat e pështymës mund të zbulohen drejtpërdrejt me agjent të vetë-lëngut pa kulturë.
Operacioni eksperimental është i thjeshtë: raundi i parë i operacionit të amplifikimit është i thjeshtë, dhe ndërtimi i bibliotekës përfundon në 3 orë, gjë që përmirëson efikasitetin e punës.
Shtypja gjithëpërfshirëse dhe rezistenca ndaj ilaçeve: Mbulimi i vendeve të shtypjes dhe rezistencës ndaj ilaçeve të MTB dhe NTM, të cilat janë pikat kryesore të shqetësimit klinik, shtypjes së saktë të shtypjes dhe zbulimit të rezistencës së ilaçeve, mbështetjes së softuerit të pavarur të analizave dhe gjenerimit të raporteve të analizës me një klik.
Përputhshmëria: Përputhshmëria e produktit, përshtatja me platformat kryesore ILM dhe MGI/ONT.
Specifikimi i produktit
| Kodin e produktit | emrin e produktit | Platformë zbulimi | specifikime |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing dhe Kit i Zbulimit të Rezistencës së Barnave (Metoda e Amplifikimit Multiplex) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96rxn |
Koha e postimit: Jan-23-2024